Python 커맨드 라인 인자 받기 — sys.argv & argparse

스크립트를 실행할 때 터미널에서 직접 값을 넘겨주는 방법입니다.

생물정보학에서는 입력 파일 경로, 파라미터 값 등을 스크립트에 넘길 때 자주 씁니다.

python script.py input.fastq --threshold 30 --output result.txt

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sys.argv

기본 개념

sys.argv는 커맨드 라인 인자를 문자열 리스트로 받아옵니다.

• sys.argv[0] : 스크립트 파일명 자체입니다.
• sys.argv[1] 부터 : 실제 넘긴 인자입니다.

import sys

print(sys.argv)

python script.py hello 42
# ['script.py', 'hello', '42']

사용 예시

import sys

input_file = sys.argv[1]
output_file = sys.argv[2]

print(f"입력: {input_file}, 출력: {output_file}")

python script.py input.fastq output.txt
# 입력: input.fastq, 출력: output.txt

주의사항

• 모든 값은 문자열로 들어옵니다. 숫자로 쓰려면 int(), float() 변환이 필요합니다.
• 인자 개수가 맞지 않으면 IndexError가 납니다.
• 인자가 많아지면 순서를 외워야 해서 관리가 불편합니다.

인자가 1~2개 정도로 단순할 때만 쓰고, 그 이상이면 argparse를 쓰는 게 낫습니다.

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argparse

기본 개념

표준 라이브러리에 포함된 인자 파싱 모듈입니다.

인자에 이름(--option)을 붙여서 순서와 관계없이 넘길 수 있고, 도움말(-h)도 자동으로 생성됩니다.

기본 구조

import argparse

parser = argparse.ArgumentParser(description="스크립트 설명")

# 인자 추가
parser.add_argument("input", help="입력 파일 경로")                  # 위치 인자 (필수)
parser.add_argument("--output", "-o", help="출력 파일 경로")         # 옵션 인자
parser.add_argument("--threshold", type=int, default=20, help="품질 임계값")

args = parser.parse_args()

print(args.input)
print(args.output)
print(args.threshold)

python script.py input.fastq --output result.txt --threshold 30

위치 인자 vs 옵션 인자

구분	작성 방법	특징
위치 인자	add_argument("input")	순서대로 입력, 필수값입니다.
옵션 인자	add_argument("--output")	--이름 으로 명시, 선택값입니다.

자주 쓰는 add_argument 옵션

parser.add_argument(
    "--threshold",
    type=int,          # 자동으로 int 변환
    default=20,        # 값을 안 넘기면 기본값 사용
    required=True,     # 필수 옵션 인자로 만들기
    help="품질 임계값" # -h 출력 시 표시되는 설명
)

# 플래그 (True/False 스위치)
parser.add_argument("--verbose", action="store_true", help="상세 출력 활성화")

# 여러 값 받기
parser.add_argument("--samples", nargs="+", help="샘플 파일 목록")

python script.py --verbose
# args.verbose → True

python script.py --samples a.fastq b.fastq c.fastq
# args.samples → ['a.fastq', 'b.fastq', 'c.fastq']

축약 옵션 (-o / --output)

parser.add_argument("--output", "-o", help="출력 파일")

python script.py --output result.txt
python script.py -o result.txt  # 동일

자동 생성 도움말

python script.py -h
# usage: script.py [-h] [--output OUTPUT] [--threshold THRESHOLD] input
# ...

 

별도로 작성하지 않아도 -h / --help로 사용법이 출력됩니다.

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sys.argv vs argparse 비교

	sys.argv	argparse
사용 난이도	간단	약간 더 많은 코드
인자 개수	적을 때 적합	많아져도 관리 편함
타입 변환	수동	type= 으로 자동
도움말	없음	-h 자동 생성
기본값	수동 처리	default= 지원

재사용할 스크립트나 인자가 3개 이상이면 처음부터 argparse로 짜는 게 낫다.